Program studi merupakan kesatuan kegiatan pendidikan dan pembelajaran yang memiliki kurikulum dan metode pembelajaran tertentu dalam satu jenis pendidikan akademik, pendidikan profesi, dan/atau pendidikan vokasi. Program Doktor Ilmu Pertanian berada di bawah pengelolaan Fakultas Pertanian dengan memenuhi ketentuan Undang-Undang Nomor 12 tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi, Permenristekdikti No. 28 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja UNTAN, dn Permenristekdikti No. 74 Tahun 2017 tentang Statuta UNTAN, Peraturan Rektor nomor 3782/UN22/DT/2015 tentang Tata Cara Pemilihan, Pengangkatan, dan Pemberhentian Ketua dan Sekretaris Program Magister dan Doktor. Prinsip struktur organisasi juga dilakukan melalui penjajakan pelaksanaan tugas keseharian, tata pergaulan dengan sejawat, dan terobosan ide-ide terkait berbagai persoalan dan penyelesaiannya.
Struktur organisasi Program Studi Doktor Ilmu Pertanian disajikan pada gambar berikut:
