Program Studi Doktor Ilmu pertanian didirikan sebagai sebuah upaya mengembangkan kemampuan sumberdaya manusia dalam menghadapi tantangan dan peluang era global serta sesuai dengan visi Universitas Tanjungpura yaitu pusat preservasi dan informasi ilmiah. Program Doktor Ilmu Pertanian diharapkan dapat menjadi sarana yang memfasilitasi proses studi lanjut, khususnya permasalahan pertanian di lahan sub optimal sebagai akumulasi peningkatan jumlah penduduk, keterbatasan air, degradasi lahan, dan perubahan iklim dengan sistem pertanian berkelanjutan.
Pendirian Program Studi Doktor Ilmu Pertanian dijabarkan dalam Rencana Strategis (Renstra) Universitas Tanjungpura Tahun 2015-2019 sesuai dengan Keputusan Rektor UNTAN No. 3284/UN.22/PR/2017 yang kemudian ditindaklanjuti dengan usulan pembukaannya melalui Fakta Integritas Pembukaan Program Studi Nomor 9658/UN22/TAPI.01.06/2019 Tanggal 8 Juli 2019 oleh Rektor Universitas Tanjungpura.
Pembukaan Program Studi Doktor Ilmu Pertanian dilakukan pada Tahun Ajaran 2019/2020 berdasarkan Dirjen Dikti Nomor: 2335/O.O4/KL/2018 Tanggal 4 Juni 2018, dan Keputusan Rektor Nomor: 4373/UN22/TU/2019 Tanggal 10 April 2019. Selanjutnya, izin pembukaan program studi diperoleh melalui Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor: 10724/SK/BAN-PT/PB-PS/D/IX/2021 Tanggal 7 September 2021 tentang Peringkat Akreditasi Program Studi Ilmu Pertanian pada Program Doktor Universitas Tanjungpura, Kota Pontianak yang berlaku dari tanggal 22 April 2021 sampai dengan 22 April 2026.
Izin keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi ini sejalan dengan ketentuan sebagai berikut;
- Undang-undang Nomor 12 Tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi (Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 2012 Nomor 158, Tambahan Lembaran Negara Republik Indonesia Nomor 5336);
- Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 3 Tahun 2020 tentang Standar Nasional Pendidikan Tinggi (Berita Negara Republik Indonesia Tahun 2020 Nomor 47);
- Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 5 Tahun 2020 tentang Akreditasi Program Studi dan Perguruan Tinggi (Berita Negara Republik Indonesia Tahun 2020 Nomor 49);
- Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 7 Tahun 2020 tentang Pendirian, Perubahan, Pembubaran Perguruan Tinggi Negeri, dan Pendidirian, Perubahan, Pencabutan Izin Perguruan Tinggi Swasta (Berita Negara Republik Indonesia Tahun 2020 Nomor 51);
- Keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor 328/M/KPT/2016 tentang Anggota Dewan Eksekutif Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Periode Tahun 2016-2021 sebagaimana telah diubah dengan Keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor 284/M/KPT/2017 tentang Perubahan atas Keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor 328/M/KPT/2016 tentang Anggota Dewan Eksekutif Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Periode Tahun 2016-2021;
- Keputusan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Nomor 344/M/KPT/2016 tentang Pengangkatan Ketua dan Sekretaris Majelis Akreditasi serta Direktur dan Sekretaris Dewan Eksekutif Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Periode Tahun 2016-2021 sebagaimana telah diubah dengan Keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor 321/M/KPT/2017 tentang Perubahan Atas Keputusan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Nomor 344/M/KPT/2016 tentang Pengangkatan Ketua dan Sekretaris Majelis Akreditasi serta Direktur dan Sekretaris Dewan Eksekutif Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Periode Tahun 2016-2021;
Program Studi Doktor Ilmu Pertanian ditempuh minimal 3 tahun dan maksimal dalam kurun waktu 5 tahun yang diselenggarakan selama 2 semester, dimana semester pertama diisi dengan pilihan mata kuliah di tiga konsentrasi ilmu, yaitu Manajemen Produksi Pertanian, Manajemen Sumberdaya Lahan Tropis, dan Manajemen Agribisnis, dan semester berikutnya diarahkan pada kemandirian terstruktur.